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Tri :
Date de référencement
Editeur
Auteur
Titre
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5.4. L’algorithme UPGMA
[Ressource pédagogique]
Date de publication :
20150601 |
Auteur(s) :
RECHENMANN Francois, PARMENTELAT Thierry |
Origine de la fiche :
Canal-u.fr
L'algorithme, que nous allons étudier pour la reconstruction d'arbres phylogénétiques à partir des distances, s'appelle UPGMA. Un nom plutôt compliqué pour une méthode qui est plutôt simple. Et même, on le verra trop simple. UPGMA signifie Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean. Nous allons voir au fur et à mesure, la signification dans l'exécution de l'algorithme de chacun de ces terme...
Référencé le :
25-10-2016
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5.7. Les applications en microbiologie
[Ressource pédagogique]
Date de publication :
20150601 |
Auteur(s) :
RECHENMANN Francois, PARMENTELAT Thierry |
Origine de la fiche :
Canal-u.fr
Une très grande diversité, on l'a vu, d'algorithmes en bio-informatique, motivé par la résolution de problèmes différents. Ces algorithmes, ces recherches en bio-informatique, s'appuient sur des domaines des mathématiques et de l'informatique. De très nombreux domaines sont ainsi impliqués. Je n'en fait pas ici la liste exhaustive mais je vais citer, bien entendu, l'algorithmique en tant que tel s...
Référencé le :
24-10-2016
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5.6. La diversité des algorithmes informatiques
[Ressource pédagogique]
Date de publication :
20150601 |
Auteur(s) :
RECHENMANN Francois, PARMENTELAT Thierry |
Origine de la fiche :
Canal-u.fr
Nous n'avons vu dans ce cours qu'un exemple extrêmement réduit d'algorithme bio informatique. Il existe en effet une très grande diversité de ces algorithmes bio informatiques qui sont motivés par l'existence d'un très grand nombre de classes de problèmes. Nous allons lister quelques-unes de ces classes de problèmes sans viser l'exhaustivité bien entendu. La première classe c'est l'assemblage des ...
Référencé le :
24-10-2016
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5.5. Quand les différences sont trompeuses
[Ressource pédagogique]
Date de publication :
20150601 |
Auteur(s) :
RECHENMANN Francois, PARMENTELAT Thierry |
Origine de la fiche :
Canal-u.fr
Il y a plusieurs raisons pour lesquelles la méthode UPGMA, que nous venons de voir, se révèle simpliste. L'une des raisons par exemple, c'est pourquoi quand on recalcule les distances, quand on a groupé deux espèces et construit un nouveau noeud, pourquoi recalcule-t-on les distances sur la base d'une moyenne ? Difficile à justifier d'un point de vue biologique, mais la méthode est simple. Mais pe...
Référencé le :
24-10-2016
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5.3. Remplir un tableau de distances
[Ressource pédagogique]
Date de publication :
20150601 |
Auteur(s) :
RECHENMANN Francois, PARMENTELAT Thierry |
Origine de la fiche :
Canal-u.fr
Pour tenter de construire l'arbre phylogénétique d'un ensemble d'espèces, nous allons utiliser les données et génotypique ou des données génotypiques disponibles sur ces espèces. Plus clairement, nous allons utiliser des séquences d'un gène homologue de ces espèces. La première étape va consister à calculer une matrice ou tableau de ces distances. Matrice au tableau? Un point de vocabulaire qui mé...
Référencé le :
24-10-2016
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5.2. L’arbre, objet abstrait
[Ressource pédagogique]
Date de publication :
20150601 |
Auteur(s) :
RECHENMANN Francois, PARMENTELAT Thierry |
Origine de la fiche :
Canal-u.fr
Vous l'aurez compris un arbre phylogénétique est un arbre abstrait qui n'a qu'un lointain rapport métaphorique avec un véritable arbre. L'arbre des bio-informaticiens et des informaticiens se dessinent du reste dans l'autre sens. C'est-à-dire que si on retrouve bien effectivement des branches qui connectent des noeuds, on a un noeud qui est la racine et qui est situé tout en haut et on situe en ba...
Référencé le :
24-10-2016
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5.1. L’arbre des espèces
[Ressource pédagogique]
Date de publication :
20150601 |
Auteur(s) :
RECHENMANN Francois, PARMENTELAT Thierry |
Origine de la fiche :
Canal-u.fr
Dans cette cinquième et dernière partie de notre cours sur le génome et les algorithmes, qui se veut une introduction à l'analyse informatique de l'information génétique, nous regarderons de plus près la notion d'arbre phylogénétique. Plus précisément, nous verrons ce qu'est un arbre phylogénétique, le problème de sa reconstruction, étudierons un premier algorithme simple de reconstruction d'arbre...
Référencé le :
24-10-2016
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Méduse et Cie : évolution et développement
[Ressource pédagogique]
Origine de la fiche :
Canal-u.fr
A l'occasion de l'année mondiale de la Biodiversité en
2010, le CNRS Images en collaboration avec le Muséum national d'Histoire
naturelle (MNHN) a produit une série de 10 films courts autour de la
théorie de l'évolution. A partir d'un animal (baleine, oursin, humain,
escargot, méduse, hyène), d'un végétal (petits pois, champignon,
peuplier, pollen) ou d'une caractéristique (l'œil, la plume, l...
Référencé le :
26-08-2015
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L’informatique dans les sciences de la vie
[Ressource pédagogique]
Date de publication :
20090610 |
Auteur(s) :
RECHENMANN Francois |
Editeur(s) :
INRIA |
Origine de la fiche :
Canal-U - OAI Archive
Dans cet exposé François Rechenmann propose un rapide survol des méthodes algorithmiques utilisées au niveau de l'analyse du génome. On y découvre que l'informatique est à la fois un outil incontournable, puisque seules des méthodes algorithmiques automatiques issus de travaux sur le traitement automatique de texte peuvent analyser les masses, mais aussi que la modélisation elle-même de ces donnée...
Référencé le :
17-02-2011
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Végétaux : diversité, hybridation
[Ressource pédagogique]
Date de publication :
20020715 |
Auteur(s) :
MUGNIER Jacques |
Editeur(s) :
UTLS - la suite, UTLS - la suite |
Origine de la fiche :
Canal-U - OAI Archive
En 1998, le Groupe sur la Phylogénie des Angiospermes (APG) publie une étude phylogénétique des plantes à fleurs en comparant des séquences de l'ADN chloroplastique. Ces taxonomistes moléculaires ne retiennent que les groupes strictement monophylétiques (c'est-à-dire descendant tous d'un ancêtre commun). Autant que possible, ils ont tenu à conserver les noms des ordres et des familles bien connus....
Référencé le :
20-12-2010
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