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Tri :
Date de référencement
Editeur
Auteur
Titre
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5.4. L’algorithme UPGMA
[Ressource pédagogique]
Date de publication :
20150601 |
Auteur(s) :
RECHENMANN Francois, PARMENTELAT Thierry |
Origine de la fiche :
Canal-u.fr
L'algorithme, que nous allons étudier pour la reconstruction d'arbres phylogénétiques à partir des distances, s'appelle UPGMA. Un nom plutôt compliqué pour une méthode qui est plutôt simple. Et même, on le verra trop simple. UPGMA signifie Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean. Nous allons voir au fur et à mesure, la signification dans l'exécution de l'algorithme de chacun de ces terme...
Référencé le :
25-10-2016
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3.3. À la recherche des codons start et stop
[Ressource pédagogique]
Date de publication :
20150601 |
Auteur(s) :
RECHENMANN Francois, PARMENTELAT Thierry |
Origine de la fiche :
Canal-u.fr
Nous avons écrit la structure, l'ossature d'un algorithme de prédiction de gènes dans un génome bactérien, en utilisant les principes que nous avions énoncés précédemment. Cet algorithme est incomplet puisque pour l'instant, nous avons repoussé l'écriture des 2 fonctions nécessaires à la recherche des occurrences des triplets Stop et Start. C'est donc ce que nous allons faire maintenant.
Comment ...
Référencé le :
25-10-2016
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3.1. Tous les gènes se terminent sur un codon stop
[Ressource pédagogique]
Date de publication :
20150601 |
Auteur(s) :
RECHENMANN Francois, PARMENTELAT Thierry |
Origine de la fiche :
Canal-u.fr
Une fois la séquence d'un génome complet obtenue, débute la phase d'annotation. L'annotation elle-même consiste tout d'abord à rechercher la localisation, c'est-à-dire la position des gènes sur cette séquence. Cette semaine, nous allons nous intéresser à la prédiction des gènes, nous allons étudier un algorithme de prédiction de gènes sur des séquences génomiques procaryotes, nous allons essayer d...
Référencé le :
25-10-2016
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2.8. Les technologies de séquençage de l’ADN
[Ressource pédagogique]
Date de publication :
20150601 |
Auteur(s) :
RECHENMANN Francois, PARMENTELAT Thierry |
Origine de la fiche :
Canal-u.fr
Nous parlons beaucoup dans ce cours de séquences génomiques ou séquences d'ADN, que nous voyons pour des raisons algorithmiques sous forme de chaînes de caractères. Comment ces séquences, ces chaînes de caractères, sont-elles obtenues ? D'une manière très imagée, il s'agit de lire la succession des nucléotides le long d'un brin d'ADN. Je dis imagé parce que cette lecture n'est pas une opération ex...
Référencé le :
25-10-2016
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2.3. Le code génétique
[Ressource pédagogique]
Date de publication :
20150601 |
Auteur(s) :
RECHENMANN Francois, PARMENTELAT Thierry |
Origine de la fiche :
Canal-u.fr
Gènes et protéines, mais qu'est-ce qu'une protéine ? Une protéine, c'est également une molécule qui est constituée d'une succession de ce que l'on appelle les acides aminés. C'est donc une chaîne d'acides aminés qui sont des motifs chimiques élémentaires. Il existe 20 acides aminés distincts. Chacun de ces acides aminés peut être désigné soit par son nom complet, soit par un nom à 3 lettres, soit ...
Référencé le :
25-10-2016
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2.2. Les gènes, de Mendel à la biologie moléculaire
[Ressource pédagogique]
Date de publication :
20150601 |
Auteur(s) :
RECHENMANN Francois, PARMENTELAT Thierry |
Origine de la fiche :
Canal-u.fr
La séquence de caractères est un bon modèle de l'ADN, un des modèles possibles de l'ADN et il est bon parce qu'il est utile. On va voir en particulier que ce modèle simple peut servir de support à de la prédiction de gènes. On va pouvoir grâce à ce modèle-là, avec les algorithmes appropriés, trouver les gènes sur l'ADN. Et donc, surtout, sur la séquence qui représente cet ADN.
Cette notion de gèn...
Référencé le :
25-10-2016
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1.9. Prédire l’origine de réplication
[Ressource pédagogique]
Date de publication :
20150601 |
Auteur(s) :
RECHENMANN Francois, PARMENTELAT Thierry |
Origine de la fiche :
Canal-u.fr
Nous avons écrit un algorithme sympathique en ce qu'il dessine un chemin conforme à la succession des lettres d'une séquence génomique. Cet algorithme simple, au-delà du dessin qu'il produit, est-il susceptible de produire des résultats interprétables par un biologiste ? La réponse est oui. Nous allons l'appliquer sur une séquence de bactéries et voir qu'effectivement des dessins produits sont ass...
Référencé le :
25-10-2016
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1.10. Des fenêtres glissantes et recouvrantes
[Ressource pédagogique]
Date de publication :
20150601 |
Auteur(s) :
RECHENMANN Francois, PARMENTELAT Thierry |
Origine de la fiche :
Canal-u.fr
Notre sympathique algorithme de balade sur l'ADN, a permis de mettre en évidence des biais de composition de séquences, a fait apparaître sur le tracé un point de rebroussement que l'on peut interpréter comme étant l'origine de réplication. On peut donc être fier d'avoir un algorithme qui serait capable de prédire l'origine de réplication sur un génome bactérien.
Alors il faut toujours rester trè...
Référencé le :
25-10-2016
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5.7. Les applications en microbiologie
[Ressource pédagogique]
Date de publication :
20150601 |
Auteur(s) :
RECHENMANN Francois, PARMENTELAT Thierry |
Origine de la fiche :
Canal-u.fr
Une très grande diversité, on l'a vu, d'algorithmes en bio-informatique, motivé par la résolution de problèmes différents. Ces algorithmes, ces recherches en bio-informatique, s'appuient sur des domaines des mathématiques et de l'informatique. De très nombreux domaines sont ainsi impliqués. Je n'en fait pas ici la liste exhaustive mais je vais citer, bien entendu, l'algorithmique en tant que tel s...
Référencé le :
24-10-2016
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5.6. La diversité des algorithmes informatiques
[Ressource pédagogique]
Date de publication :
20150601 |
Auteur(s) :
RECHENMANN Francois, PARMENTELAT Thierry |
Origine de la fiche :
Canal-u.fr
Nous n'avons vu dans ce cours qu'un exemple extrêmement réduit d'algorithme bio informatique. Il existe en effet une très grande diversité de ces algorithmes bio informatiques qui sont motivés par l'existence d'un très grand nombre de classes de problèmes. Nous allons lister quelques-unes de ces classes de problèmes sans viser l'exhaustivité bien entendu. La première classe c'est l'assemblage des ...
Référencé le :
24-10-2016
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