|
|<
<< Page précédente
1
2
3
4
5
6
7
8
9
Page suivante >>
>|
|
documents par page
|
Attention : l'accès aux ressources peut être restreint, soit pour des raisons juridiques, soit par la volonté de l'auteur.
Tri :
Date de référencement
Editeur
Auteur
Titre
|
1.9. Prédire l’origine de réplication
[Ressource pédagogique]
Date de publication :
20150601 |
Auteur(s) :
RECHENMANN Francois, PARMENTELAT Thierry |
Origine de la fiche :
Canal-u.fr
Nous avons écrit un algorithme sympathique en ce qu'il dessine un chemin conforme à la succession des lettres d'une séquence génomique. Cet algorithme simple, au-delà du dessin qu'il produit, est-il susceptible de produire des résultats interprétables par un biologiste ? La réponse est oui. Nous allons l'appliquer sur une séquence de bactéries et voir qu'effectivement des dessins produits sont ass...
Référencé le :
25-10-2016
|
|
1.10. Des fenêtres glissantes et recouvrantes
[Ressource pédagogique]
Date de publication :
20150601 |
Auteur(s) :
RECHENMANN Francois, PARMENTELAT Thierry |
Origine de la fiche :
Canal-u.fr
Notre sympathique algorithme de balade sur l'ADN, a permis de mettre en évidence des biais de composition de séquences, a fait apparaître sur le tracé un point de rebroussement que l'on peut interpréter comme étant l'origine de réplication. On peut donc être fier d'avoir un algorithme qui serait capable de prédire l'origine de réplication sur un génome bactérien.
Alors il faut toujours rester trè...
Référencé le :
25-10-2016
|
|
5.7. Les applications en microbiologie
[Ressource pédagogique]
Date de publication :
20150601 |
Auteur(s) :
RECHENMANN Francois, PARMENTELAT Thierry |
Origine de la fiche :
Canal-u.fr
Une très grande diversité, on l'a vu, d'algorithmes en bio-informatique, motivé par la résolution de problèmes différents. Ces algorithmes, ces recherches en bio-informatique, s'appuient sur des domaines des mathématiques et de l'informatique. De très nombreux domaines sont ainsi impliqués. Je n'en fait pas ici la liste exhaustive mais je vais citer, bien entendu, l'algorithmique en tant que tel s...
Référencé le :
24-10-2016
|
|
5.6. La diversité des algorithmes informatiques
[Ressource pédagogique]
Date de publication :
20150601 |
Auteur(s) :
RECHENMANN Francois, PARMENTELAT Thierry |
Origine de la fiche :
Canal-u.fr
Nous n'avons vu dans ce cours qu'un exemple extrêmement réduit d'algorithme bio informatique. Il existe en effet une très grande diversité de ces algorithmes bio informatiques qui sont motivés par l'existence d'un très grand nombre de classes de problèmes. Nous allons lister quelques-unes de ces classes de problèmes sans viser l'exhaustivité bien entendu. La première classe c'est l'assemblage des ...
Référencé le :
24-10-2016
|
|
5.5. Quand les différences sont trompeuses
[Ressource pédagogique]
Date de publication :
20150601 |
Auteur(s) :
RECHENMANN Francois, PARMENTELAT Thierry |
Origine de la fiche :
Canal-u.fr
Il y a plusieurs raisons pour lesquelles la méthode UPGMA, que nous venons de voir, se révèle simpliste. L'une des raisons par exemple, c'est pourquoi quand on recalcule les distances, quand on a groupé deux espèces et construit un nouveau noeud, pourquoi recalcule-t-on les distances sur la base d'une moyenne ? Difficile à justifier d'un point de vue biologique, mais la méthode est simple. Mais pe...
Référencé le :
24-10-2016
|
|
5.3. Remplir un tableau de distances
[Ressource pédagogique]
Date de publication :
20150601 |
Auteur(s) :
RECHENMANN Francois, PARMENTELAT Thierry |
Origine de la fiche :
Canal-u.fr
Pour tenter de construire l'arbre phylogénétique d'un ensemble d'espèces, nous allons utiliser les données et génotypique ou des données génotypiques disponibles sur ces espèces. Plus clairement, nous allons utiliser des séquences d'un gène homologue de ces espèces. La première étape va consister à calculer une matrice ou tableau de ces distances. Matrice au tableau? Un point de vocabulaire qui mé...
Référencé le :
24-10-2016
|
|
5.2. L’arbre, objet abstrait
[Ressource pédagogique]
Date de publication :
20150601 |
Auteur(s) :
RECHENMANN Francois, PARMENTELAT Thierry |
Origine de la fiche :
Canal-u.fr
Vous l'aurez compris un arbre phylogénétique est un arbre abstrait qui n'a qu'un lointain rapport métaphorique avec un véritable arbre. L'arbre des bio-informaticiens et des informaticiens se dessinent du reste dans l'autre sens. C'est-à-dire que si on retrouve bien effectivement des branches qui connectent des noeuds, on a un noeud qui est la racine et qui est situé tout en haut et on situe en ba...
Référencé le :
24-10-2016
|
|
5.1. L’arbre des espèces
[Ressource pédagogique]
Date de publication :
20150601 |
Auteur(s) :
RECHENMANN Francois, PARMENTELAT Thierry |
Origine de la fiche :
Canal-u.fr
Dans cette cinquième et dernière partie de notre cours sur le génome et les algorithmes, qui se veut une introduction à l'analyse informatique de l'information génétique, nous regarderons de plus près la notion d'arbre phylogénétique. Plus précisément, nous verrons ce qu'est un arbre phylogénétique, le problème de sa reconstruction, étudierons un premier algorithme simple de reconstruction d'arbre...
Référencé le :
24-10-2016
|
|
4.9. Éviter la récursivité : une version itérative
[Ressource pédagogique]
Date de publication :
20150601 |
Auteur(s) :
RECHENMANN Francois, PARMENTELAT Thierry |
Origine de la fiche :
Canal-u.fr
La fonction récursive que nous avons obtenue est d'un code assez compact et plutôt élégant, mais effectivement peu efficace. Pourquoi ? Rappelons son fonctionnement. Cette fonction est d'abord appelée pour calculer le coût de ce nœud-là. Nécessitant le coût optimal de ce nœud, celui-ci et celui-là, elle est ré appliquée, elle se ré appelle sur ces 3 nœuds-là. Si on prend l'appel de la fonction sur...
Référencé le :
24-10-2016
|
|
4.8. Un algorithme récursif
[Ressource pédagogique]
Date de publication :
20150601 |
Auteur(s) :
RECHENMANN Francois, PARMENTELAT Thierry |
Origine de la fiche :
Canal-u.fr
Nous avons désormais en main tous les éléments pour écrire notre algorithme de détermination d'un alignement optimal, ici d'un chemin optimal.
Avec les notations que nous avons introduites, je vous rappelle que nous savons, à priori, déterminer le coût de ce noeud-là, autrement dit le coût du chemin aboutissant sur ce noeud, en faisant l'hypothèse que nous connaissons les coûts optimaux de ces tro...
Référencé le :
24-10-2016
|
|
|
|<
<< Page précédente
1
2
3
4
5
6
7
8
9
Page suivante >>
>|
|
documents par page
|