5.6. La diversité des algorithmes informatiques

Auteur(s) : RECHENMANN FRANCOIS, PARMENTELAT THIERRY    01-06-2015,  01-06-2015  Éditeur(s) :    Description : Nous n'avons vu dans ce cours qu'un exemple extrêmement réduit d'algorithme bio informatique. Il existe en effet une très grande diversité de ces algorithmes bio informatiques qui sont motivés par l'existence d'un très grand nombre de classes de problèmes. Nous allons lister quelques-unes de ces classes de problèmes sans viser l'exhaustivité bien entendu. La première classe c'est l'assemblage des "reads". Ceci commence dès la sortie du séquenceur. Rappelez-vous, en sortie d'un séquenceur NGS de nouvelle génération, on récupère un ensemble de "reads", des séquences relativement courtes de quelques dizaines de bases, en très grand nombre et qui se recouvrent. La problématique dite de l'assemblage consiste à utiliser ces zones de recouvrement pour ordonner les "reads" entre eux et reconstituer la séquence complète du génome, des algorithmes dits d'assemblage, qui se doivent d'être extrêmement rapides évidemment, compte tenu du nombre de "reads" à traiter. Problématique de la comparaison et de la projection de séquences : comparaison de séquences on l'a longuement étudiée. Projection de séquences ou "mapping". Un exemple, rappelez-vous quand nous avons parlé de la prédiction des gènes eucaryotes, nous avons dit qu'il était possible par des méthodes expérimentales de récupérer l'ARN messager mature, de le transformer en ADN, de le séquencer. On obtenait donc une séquence dite de CDNA. La problématique à ce niveau-là est de projeter cette séquence de CDNA sur la séquence d'ADN pour retrouver effectivement les exons, etc. Cette projection doit se faire en acceptant le fait qu'on peut avoir des correspondances partielles dans les zones projetées. Projection de séquences en anglais, "sequence mapping"... Mots-clés libres : génomique, Algorithmique, bioinformatique, biologie cellulaire et moléculaire, Modélisation, arbre phylogénétique Classification générale : Sciences de la vie, Biologie, Biochimie, Ecologie Accès à la ressource : http://www.canal-u.tv/video/inria/5_6_la_diversite... rtmpt://fms2.cerimes.fr:80/vod/fuscia/changer.l.ec... http://www.canal-u.tv/video/inria/dl.1/5_6_la_dive... Conditions d'utilisation : Droits réservés à l'éditeur et aux auteurs. Ces ressources de cours sont, sauf mention contraire, diffusées sous Licence Creative Commons. L’utilisateur doit mentionner le nom de l’auteur, il peut exploiter l’œuvre sauf dans un contexte commercial et il ne peut apporter de modifications à l’œuvre originale.

DONNEES PEDAGOGIQUES Type pédagogique : cours / présentation Niveau : enseignement supérieur, licence, licence DONNEES TECHNIQUES Format : video/x-flv Taille : 291.38 Mo Durée d'exécution : 7 minutes 57 secondes

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