<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?><metadata>
<lom xmlns="http://ltsc.ieee.org/xsd/LOM" xmlns:lomfr="http://www.lom-fr.fr/xsd/LOMFR" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xsi:schemaLocation="http://ltsc.ieee.org/xsd/LOM http://www.lom-fr.fr/xsd/lomfrv1.0/std/lomfr.xsd">
<general>
    <identifier>
        <catalog>Canal-U_Ocms</catalog>
        <entry>24742</entry>
    </identifier>
    <title><string language="fre"><![CDATA[5.6. La diversité des algorithmes informatiques]]></string></title>
    <language>FRE</language>
    <description>
        <string language="fre"><![CDATA[Nous n'avons vu dans ce cours qu'un exemple extrêmement réduit d'algorithme bio informatique. Il existe en effet une très grande diversité de ces algorithmes bio informatiques qui sont motivés par l'existence d'un très grand nombre de classes de problèmes. Nous allons lister quelques-unes de ces classes de problèmes sans viser l'exhaustivité bien entendu. La première classe c'est l'assemblage des "reads". Ceci commence dès la sortie du séquenceur. Rappelez-vous, en sortie d'un séquenceur NGS de nouvelle génération, on récupère un ensemble de "reads", des séquences relativement courtes de quelques dizaines de bases, en très grand nombre et qui se recouvrent. La problématique dite de l'assemblage consiste à utiliser ces zones de recouvrement pour ordonner les "reads" entre eux et reconstituer la séquence complète du génome, des algorithmes dits d'assemblage, qui se doivent d'être extrêmement rapides évidemment, compte tenu du nombre de "reads" à traiter. Problématique de la comparaison et de la projection de séquences : comparaison de séquences on l'a longuement étudiée. Projection de séquences ou "mapping". Un exemple, rappelez-vous quand nous avons parlé de la prédiction des gènes eucaryotes, nous avons dit qu'il était possible par des méthodes expérimentales de récupérer l'ARN messager mature, de le transformer en ADN, de le séquencer. On obtenait donc une séquence dite de CDNA. La problématique à ce niveau-là est de projeter cette séquence de CDNA sur la séquence d'ADN pour retrouver effectivement les exons, etc. Cette projection doit se faire en acceptant le fait qu'on peut avoir des correspondances partielles dans les zones projetées. Projection de séquences en anglais, "sequence mapping"...]]></string></description>
    <keyword><string language="fre"><![CDATA[génomique]]></string></keyword><keyword><string language="fre"><![CDATA[algorithmique]]></string></keyword><keyword><string language="fre"><![CDATA[bioinformatique]]></string></keyword><keyword><string language="fre"><![CDATA[biologie cellulaire et moléculaire]]></string></keyword><keyword><string language="fre"><![CDATA[modélisation]]></string></keyword><keyword><string language="fre"><![CDATA[arbre phylogénétique]]></string></keyword>
    <lomfr:documentType>
        <lomfr:source>LOMFRv1.0</lomfr:source>
        <lomfr:value>image en mouvement</lomfr:value>
    </lomfr:documentType>
</general><lifeCycle>
    
    <contribute>
            <role>
                <source>LOMv1.0</source>
                <value>author</value>
            </role>
            <entity><![CDATA[BEGIN:VCARD
VERSION:3.0
CLASS:PUBLIC
REV:2016-10-30 00:01:46
FN:Francois RECHENMANN
N:RECHENMANN;Francois;;;

URL;TYPE=work:http://www.canal-u.tv/auteurs/rechenmann_francois
ROLE:author
NOTE:  Ingénieur et Docteur-Ingénieur en informatique, François Rechenmann est chercheur au centre Inria Grenoble – Rhône-Alpes. Il y exerce ses activités à l’interface de l’informatique et des sciences du vivant en contribuant plus particulièrement au développement de méthodes et de logiciels pour l’analyse des séquences génomiques des microorganismes. Cofondateur de la société Genostar, qui propose des solutions bioinformatiques aux industries pharmaceutiques, agroalimentaires et biotechnologiques, il en est le conseiller scientifique. Très impliqué dans les actions de médiation scientifique, François Rechenmann est le responsable scientifique du site Interstices dont l’objectif est d’expliquer l’informatique en tant que domaine de recherche.   
TZ:+0200
END:VCARD
]]></entity>
            <date><dateTime>2015-06-01</dateTime></date>
        </contribute>

    <contribute>
            <role>
                <source>LOMv1.0</source>
                <value>author</value>
            </role>
            <entity><![CDATA[BEGIN:VCARD
VERSION:3.0
CLASS:PUBLIC
REV:2016-10-30 00:01:46
FN:Thierry PARMENTELAT
N:PARMENTELAT;Thierry;;;

URL;TYPE=work:http://www.canal-u.tv/auteurs/parmentelat_thierry
ROLE:author
NOTE:Thierry Parmentelat a mené une carrière hybride entre les mondes   académique et industriel. Ses centres d'intérêt couvrent les langages de   programmation, les réseaux, et l'algèbre. Actuellement ingénieur de   recherche chez Inria, Thierry Parmentelat utilise Python depuis plus de   10 ans pour ses travaux de recherche, ainsi que pour le développement   des plateformes expérimentales dont il a la charge. 
TZ:+0200
END:VCARD
]]></entity>
            <date><dateTime>2015-06-01</dateTime></date>
        </contribute>

</lifeCycle>
<metaMetadata>
    <metadataSchema>LOMv1.0</metadataSchema>
    <metadataSchema>LOMFRv1.0</metadataSchema>
</metaMetadata>
<technical>
    <format>video/x-flv</format>
    <location><![CDATA[http://www.canal-u.tv/video/inria/5_6_la_diversite_des_algorithmes_informatiques.24742]]></location>
    <location><![CDATA[rtmpt://fms2.cerimes.fr:80/vod/fuscia/changer.l.echelle.du.chemin.copie._24742/c016fr.w5.s6.fr.mp4]]></location>
        <location><![CDATA[http://www.canal-u.tv/video/inria/dl.1/5_6_la_diversite_des_algorithmes_informatiques.24742]]></location>
        
    <size>305536613</size>
    <duration><duration>PT0H7M57S</duration></duration>
</technical>
<educational>
    <learningResourceType>
        <source>LOMv1.0</source>
        <value>lecture</value>
    </learningResourceType>
    
    <context>
        <source>LOMv1.0</source>
        <value>higher education</value>
    </context>
    <context>
        <source>LOMv1.0</source>
        <value>licence</value>
    </context>
    <context>
        <source>LOMv1.0</source>
        <value>licence</value>
    </context>
</educational>
<rights>
    <cost>
        <source>LOMv1.0</source>
        <value>no</value>
    </cost>
    <copyrightAndOtherRestrictions>
        <source>LOMv1.0</source>
        <value>no</value>
    </copyrightAndOtherRestrictions>
    <description>
        <string language="fre"><![CDATA[Droits réservés à l'éditeur et aux auteurs. 
Ces ressources de cours sont, sauf mention contraire, diffusées sous Licence Creative Commons. L’utilisateur doit mentionner le nom de l’auteur, il peut exploiter l’œuvre sauf dans un contexte commercial et il ne peut apporter de modifications à l’œuvre originale.]]></string>
    </description>
</rights>

            <relation>
                <kind>
                    <source>LOMv1.0</source>
                    <value>ispartof</value>
                </kind>
                <resource>
                    <identifier>
                        <catalog>URI</catalog>
                        <entry>http://www.canal-u.tv/producteurs/inria/cours_en_ligne/bioinformatique_algorithmes_et_genomes/arbres_phylogenetiques</entry>
                    </identifier>
                    <description>
                        <string language="fre"><![CDATA[5. Arbres phylogénétiques]]></string>
                    </description>
                </resource>
            </relation>

<classification>
    <purpose>
        <source>LOMv1.0</source>
        <value>discipline</value>
    </purpose>
    <taxonPath>
        <source>
        <string language="fre"><![CDATA[Universités Numériques Thématiques 2009 http://www.universites-numeriques.fr]]></string>
        </source>
        <taxon>
            <id/>
            <entry>
                <string language="fre"/>
            </entry>
        </taxon>
    </taxonPath>
</classification>
<classification>
    <purpose>
        <source>LOMv1.0</source>
        <value>discipline</value>
    </purpose>
    
    <taxonPath>
        <source>
            <string language="fre">CDD 22e éd.</string>
            <string language="eng">DDC 22nd ed.</string>
        </source>
        <taxon>
            <id>570.285</id>
            <entry>
                <string language="fre"><![CDATA[biologie application informatique]]></string>
            </entry>
        </taxon>
   </taxonPath>
</classification>      </lom>
   </metadata>