SCD-Universite de Rennes 1 Évolution du génome des spartines polyploïdes envahissant les marais salés: apport des nouvelles techniques de séquençage haut-débit Genome evolution of polyploid Spartina species invading salt-marshes: Contribution of Next-generation Sequencing technologies EvolutionEcologieSpartinaPoaceaeSéquençage haut-débitTranscriptomeGénomique comparativeBioinformatique EvolutionEcologySpartinaPoaceaeNext-generation SequencingTranscriptomeComparative genomicsBioinformatics Spartina Ressources génétiques Évolution Thèses et écrits académiques Ecologie des marais Thèses et écrits académiques Génomique comparative Thèses et écrits académiques Bioinformatique Thèses et écrits académiques Transcriptome Thèses et écrits académiques Les Spartines jouent un rôle écologique majeur sur les marais salés. Elles représentent un excellent modèle pour appréhender les conséquences écologiques de la spéciation par hybridation et polyploïdie dans le contexte d'invasion biologique. On s'intéresse plus particulièrement, à l'hybridation récente entre une espèce hexaploïde d'origine américaine Spartina alterniflora et une espèce hexaploïde européenne S. maritima ayant donnés deux hybrides F1 (S. x townsendii et S. x neyrautii) et la nouvelle espèce envahissante allododécaploïde (S. anglica). Les nouvelles technologies de séquençage haut-débit facilitent l'exploration de ces génomes peu connus. L'assemblage et l'annotation d'un transcriptome de référence ont permis d'annoter 16 753 gènes chez les spartines hexaploïdes et d'identifier des gènes d'intérêts écologique et évolutif. Une sélection de ces gènes a ensuite été analysée à travers une étude d'expression par PCR quantitative sur les populations naturelles des 5 espèces du complexe. Les résultats ont permis de mettre en évidence une expression homogène intra-populations mais une grande variabilité entre les espèces. L'analyse du génome des Spartines a ciblé prioritairement le développement de ressources génomiques concernant l'espèce S. maritima pour l'analyse des compartiments codant et répété à l'aide de séquençage d'une banque BAC et d'un run de pyroséquençage d'ADN génomique. Les analyses ont permis d'évaluer une proportion d'éléments répétés représentant près de 30% du génome. Les données générées ont alors été comparées avec les génomes séquencés phylogénétiquement proches et ont permis de premières comparaisons entre les spartines et les autres Poaceae. Spartina species play an important ecological role on salt marshes. They represent an excellent system to study the ecological consequences of hybrid and polyploid speciation in biological invasion contexts. In this study, we examined the effects of hybridization between the hexaploid American-native species Spartina alterniflora and the European species S. maritima, that gave rise to two F1 hybrids (S. x townsendii in England et S. x neyrautii in France) and the new invasive allododecaploid species (S. anglica). Next-generation sequencing technologies offer new perspectives to explore these previously poorly known genomes. The assembly of a reference transcriptome (from 454 Roche pyrosequencing) allowed annotation of 16,753 genes in hexaploid Spartina and identification of ecologically and evolutionary important genes. Expression levels of a subset of these genes were analyzed by quantitative PCR in Spartina natural populations. The results indicate intrapopulation homogenous expression but extreme variability between species. The European S. maritima beneficiated from genomic resource development through a BAC library and one pyrosequencing run. Our analyses estimated the relative proportions of repetitive sequences as about 30% and have identified the main transposable element families Data generated were also compared to closely related sequenced species and provided the first insights into the evolution of Spartina genomes in the Poaceae family. Electronic Thesis or DissertationText fr en application/pdf1 : 40426 Kohttps://ecm.univ-rennes1.fr/nuxeo/site/esupversions/064dad75-d269-48ab-b44b-ece87355bd9d Ferreira de Carvalho Julie 1985-10-25 FR 16778384X 2013REN1S002 http://www.theses.fr/2013REN1S002 2013-02-19 Biologie Universite de Rennes 1thesis.degree.grantor_1 02778715X Université européenne de Bretagnethesis.degree.grantor_2 139075119 Doctorat non ouiAinoucheMalikaintervenant_1059851775 Vie-Agro-SantéecoleDoctorale_1 13908620X EcobiopartenaireRecherche_1 151300046 ddc:570 AinoucheMalikaUniversite de Rennes 1Sciences et technologie, medecine, pharmacie, odontologie, droit, economie, gestion, philosophieUniversité européenne de BretagnePôle de recherche et d'enseignement supérieur de BretagneVie-Agro-SantéÉcole doctorale Vie-Agro-Santé (Rennes)Ecobio ASCII PDF 41396381