L’ARN régulateur Srn_9342 : caractérisation du profil d’expression, implication dans la virulence et régulation de la biosynthèse de l’hème chez staphylococcus aureus (The small RNA Srn_9342 : characterization of its expression profile, involvement in virulence, and regulation of heme biosynthesis in staphylococcus aureus)

Silard, Chloé - (2024-12-19) / Universite de Rennes  - L’ARN régulateur Srn_9342 : caractérisation du profil d’expression, implication dans la virulence et régulation de la biosynthèse de l’hème chez staphylococcus aureus Langue : Français, Anglais Directeur de thèse:  Augagneur, Yoann Laboratoire :  ARN régulateurs bactériens et médecine (BRM) Ecole Doctorale : SVS Thématique : Sciences de la vie, biologie, biochimie

Accès à la ressource :  https://ged.univ-rennes1.fr/nuxeo/site/esupversion... Mots-clés : Staphylococcus aureus , ARN régulateur , Srn_9342 , MAPS , virulence, Staphylocoque doré, ARN régulateur, Séquençage de l'ARN, Virulence (microbiologie) Résumé : Staphylococcus aureus est une bactérie commensale et pathogène responsable d’un large spectre d’infections. Pour permettre une adaptation rapide et efficace aux signaux environnementaux, S. aureus possède un réseau de régulation précis et complexe. Dans ce réseau, les ARN régulateurs (ARNreg) apparaissent comme des modulateurs post-transcriptionnels importants. Les ARNreg sont généralement définis comme des ARN non codants, petits, stables, avec des fonctions de régulation sur leurs cibles. À ce jour, environ 200 ARNreg ont été identifiés chez S. aureus. Dans ce travail, nous avons étudié l’un d’eux : Srn_9342. Cet ARNreg est transcrit sous deux formes – une courte (Srn_9342S) et une longue (Srn_9342L) – partageant la même extrémité 5’ et dont l’annotation chevauche avec la séquence codante située en amont. Il s’agissait ainsi de caractériser l’expression du gène srn_9342, d’identifier ces cibles et de définir sa fonction biologique. Un profil d'expression spécifique a été observé, avec une permutation de Srn_9342S vers Srn_9342L en fonction de la densité cellulaire. La découverte d’un promoteur spécifique pour srn_9342 a révélé qu’il s’agit du premier cas d’ARNreg dérivé d’une région 3’ UTR d’ARNm de type I identifié chez S. aureus. De plus, nous avons montré que l’expression de Srn_9342L est dépendante de SigB L’identification de ces cibles ARN par MAPS, a identifié l’ARNm hemQ, codant une coproporphyrine décarboxylase impliquée dans la biosynthèse de l'hème, et l’ARNIII, un ARNreg central de la virulence, comme cibles directes de Srn_9342. Enfin, les rôles de cet ARNreg dans la régulation de la biosynthèse de l'hème, la formation du phénotype SCV et la virulence ont été démontrés. Résumé (anglais) : Staphylococcus aureus is a human bacterial commensal and pathogen responsible for minor to life-threatening infections. To allow an efficient and fast adaptation to environmental cues, S. aureus possesses a precise and complex regulatory network. Among its many regulators, bacterial small RNAs (sRNAs) appear as attractive post-transcriptional modulators. These sRNAs are usually defined as small, stable, non-coding with regulatory functions on targets. To date, around 200 sRNAs were identified in S. aureus. Here, we focused on Srn_9342, a sRNA transcribed into two forms - a short (Srn_9342S) and a long (Srn_9342L) - both sharing the same 5’ end and whose annotation encompasses the upstream coding sequence. We aimed to characterize srn_9342 gene expression and explore its targetome to define its biological function. A particular expression pattern was observed, with Srn_9342S decreasing over time while Srn_9342L increasing in a cell-density-dependent manner. The discovery of a specific promoter upstream srn_9342 revealed that it is the first case of a type I 3’ UTR-derived sRNA characterized in S. aureus. In addition, we showed that Srn_9342L expression is SigB-dependent but not Srn_9342S. RNA targets identification by MAPS, followed by experimental validation, confirmed hemQ mRNA, encoding a coproheme decarboxylase involved in heme biosynthesis, and RNAIII, a central sRNA regulator of virulence, as direct targets of Srn_9342. Finally, the functions of this sRNA in heme biosynthesis regulation, SCV phenotype formation and virulence was demonstrated. Identifiant : rennes1-ori-wf-1-20419

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