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| Impacts des sociétés agro-pastorales sur la biodiversité : lecture croisée paléogénomique, paléoécologique et archéologique (Impacts of agro-pastoral societies on biodiversity: palaeogenomic, palaeoecological and archaeological cross-reading ) | ||
Martin, Nathan - (2024-11-22) / Université de Rennes - Impacts des sociétés agro-pastorales sur la biodiversité : lecture croisée paléogénomique, paléoécologique et archéologique Langue : Anglais Directeur de thèse: Marguerie, Dominique Laboratoire : Ecobio Ecole Doctorale : EGAAL Thématique : Sciences de la vie, biologie, biochimie | ||
Mots-clés : Transition agro-pastorale, Dynamique de biodiversité, Climat, Paléogénomique, Pollen , Pastoralisme préhistorique, Biodiversité, Variabilité, Paléoécologie, Pollen fossile Résumé : L'émergence du mode de vie agro-pastoral a transformé les écosystèmes et les dynamiques de biodiversité. Cette transition a eu lieu au cours d'une période de forte variabilité climatique, marquée par différents événements climatiques, qui ont influencé sa diffusion et la biodiversité locale. Néanmoins, il est difficile de différencier la part de la variabilité de la faune et de la flore qui résulte des impacts anthropiques ou climatiques. L'étude des proxys environnementaux dans deux contextes différents, le Massif armoricain dans le nord-ouest de l'Europe et l'archipel de Saint-Pierre et Miquelon dans le nord-est du Canada, peut dévoiler de nouvelles perspectives pour discuter de cette question. Dans ce travail, nous avons analysé les proxies paléoécologique de pollen et d’ADN sur différentes archives environnementales. Nous avons observé, par le biais de l’analyse conjointe d'une revue et d'une méta-analyse, l'ouverture progressive du paysage armoricain en réponse à l'arrivée de communautés agricoles. La reconstruction climatique basée sur les pollens dans cette région a mis en évidence la variabilité rapide du climat et son influence sur les activités agro-pastorales. L'étude de l'ADN ancien, par le biais de stratégies métagénomiques sur des échantillons environnementaux, peut compléter les données polliniques et archéologiques. En particulier, l'utilisation de sondes conçues de manière bioinformatique dans le cadre de capture ciblée par enrichissement permet de récupérer divers taxons écologiquement informatifs. L'application de ces stratégies dans les tourbières ombrotrophes de Saint-Pierre et Miquelon souligne la nécessité d'aborder ce type d'archives avec prudence. En conclusion, le travail présenté dans cette thèse a permis d'enrichir nos connaissances sur la dynamique de la biodiversité au cours de la transition agro-pastorale. Il appelle à une meilleure approche transdisciplinaire des archives environnementales et ouvre la voie à des études paléogénomiques sur les tourbières. Résumé (anglais) : The emergence of the agro-pastoral way of life transformed the ecosystems and the dynamics of the biodiversity. This transition took place in a period of important climate variability, marked by different climatic events, which have influenced its spread and the local biodiversity. Nevertheless, differentiate which part of the fauna and flora variability results from the anthropic or climatic impacts is challenging. The study of environmental proxies in two different contexts, the Armorican Massif in North-Western Europe and the Saint-Pierre and Miquelon archipelago in North-Eastern Canada can unveil new insights to discuss this question. In this work we analyzed palaeoecological pollen and DNA proxies on different environmental archives. We observed through a conjoint review and meta-analysis the gradual opening of the Armorican landscape in response to the arrival of farming communities. The pollen-based climate reconstruction in this area put in evidence rapid climate variability and its influence on agro-pastoral activities. The study of ancient environmental DNA, through metagenomics strategies can complement pollen and archaeological data. Notably the use of bioinformatically designed probes in targeted capture enrichment hold the potential to retrieve diverse ecologically informative taxa. The application of these strategies in ombrotrophic peat bogs in Sain-Pierre and Miquelon notes the need to approach this type of archive with caution. To, conclude the work presented in this thesis allowed to enrich our knowledge on biodiversity dynamics during the agro-pastoral transition. It call for an enhanced transdisciplinary approach of environmental archives and pave the way for new palaeogenomic work on peatlands. Identifiant : rennes1-ori-wf-1-20261 | ||
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