Apport de la PCR digitale pour l'évaluation du potentiel d'une trousse commerciale de RT-PCR en temps réel à quantifier des rhinovirus de différents génotypes (Use of digital PCR to assess the potential of a commercial real-time RT-PCR assay to quantify rhinoviruses of various genotypes)

Thouault, Luc - (2023-10-24) / Universite de Rennes - Apport de la PCR digitale pour l'évaluation du potentiel d'une trousse commerciale de RT-PCR en temps réel à quantifier des rhinovirus de différents génotypes Langue : Français Directeur de thèse:  Pilorgé, Léa Thématique : Médecine et santé

Accès à la ressource :  https://ged.univ-rennes1.fr/nuxeo/site/esupversion... Mots-clés : Rhinovirus humain, PCR digitale, quantification, charge virale, diversité, RT-PCR quantitative en temps réel, PCR digitale, Virémie, Rhinovirus, PCR quantitative Résumé : La grande diversité des rhinovirus humains (HRV) rend leur quantification par biologie moléculaire complexe. L’objectif de cette étude était d’évaluer la capacité d’un test commercial de RT-PCR temps réel (RT-PCR TR) à quantifier différents génotypes de HRV dont le génome avait été préalablement titré en PCR digitale par deux systèmes : QX200TM (Biorad) et Naica® (Stilla). Cette méthode avait en effet montré une supériorité par rapport à la RT-PCR-TR pour quantifier ces virus. Le génome de six génotypes de HRV (A1, A2, A68, B17, B69, C5) a été quantifié en RT-dPCR et testé en parallèle avec la RT-PCR TR rhinovirus/entérovirus R-GENE®. A partir des courbes de calibration génotype-spécifique obtenues, un modèle de droite de calibration consensus a été établi. Les titres obtenus à partir de cette droite de calibration étaient comparables aux titres de référence obtenus en dPCR. La RT-PCR TR Rhinovirus R-GENE® aurait la capacité de quantifier de manière exacte différents génotypes de HRV. Résumé (anglais) : The wide diversity of human rhinoviruses (HRV) makes their quantification through molecular biology complex task. The aim of this study was to assess the ability of a commercial real-time RT-PCR test (RT-PCR TR) to quantify various HRV genotypes whose genomes had been previously titrated by digital PCR using two systems: QX200 TM (Bio-Rad) and Naica® (Stilla). This method showed superiority over RT-PCR for quantifying these viruses. The genome of six HRV genotypes (A1, A2, A68, B17, B69, C5) was quantified using RT-dPCR and tested in parallel with R-GENE® rhinovirus/enterovirus RT-PCR. From the genotype-specific calibration curves obtained, a consensus calibration line model was established. The titres obtained from this calibration line were comparable to the reference titres obtained using dPCR. R-GENE® Rhinovirus RT-PCR TR would be able to accurately quantify various HRV genotypes. Identifiant : rennes1-ori-wf-1-18681

Exporter au format XML