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| Variabilité génétique et phénotypique des populations d'Aphanomyces euteiches : conséquence pour la gestion durable des QTL de résistance à la pourriture racinaire précoce chez le pois (Genetic and phenotypic variability of Aphanomyces euteiches populations: consequence for the durable management of root rot resistance QTL in pea ) | ||
Quillévéré Hamard, Anne - (2022-10-21) / Universite de Rennes 1 - Variabilité génétique et phénotypique des populations d'Aphanomyces euteiches : conséquence pour la gestion durable des QTL de résistance à la pourriture racinaire précoce chez le pois Langue : Français, Anglais Directeur de thèse: Pilet-Nayel, Marie-Laure; Le May, Christophe Laboratoire : Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes Ecole Doctorale : EGAAL Thématique : Sciences de la vie, biologie, biochimie | ||
Mots-clés : Aphanomyces, marqueur, Pisum sativum, diversité, agressivité, NILs, Oomycètes, Marqueurs génétiques, Pisum sativum, Variabilité génétique, Locus à caractère quantitatif Résumé : La pourriture racinaire précoce du pois, due à l’oomycète Aphanomyces euteiches, est une maladie majeure du pois en France et dans le monde. Cette thèse a visé à évaluer la diversité génétique et phénotypique des populations françaises d’A. euteiches vis-à-vis de légumineuses cultivées et de QTL de résistance chez le pois, en vue de contribuer au développement de connaissances pour l’étude de la durabilité de la résistance partielle du pois à A. euteiches. Afin d’étudier la diversité génétique des populations d’A. euteiches, des marqueurs microsatellites ont été développés, parmi lesquels 14 marqueurs hautement polymorphes ont été identifiés. Le génotypage de 94 isolats a montré une diversité génétique entre des populations américaines et françaises, confirmant le pouvoir discriminant de ses marqueurs. L’analyse génétique d’une collection de 205 isolats français a mis en évidence une faible structuration des populations et un faible niveau de diversité génétique. De plus, l’analyse phénotypique de 34 de ces isolats français sur une gamme de 8 génotypes de 4 légumineuses hôtes a montré que la plupart des isolats était virulent sur pois, fèverole, luzerne et vesce et présentait un niveau élevé et peu diversifié d’agressivité sur pois. Enfin, le niveau d’agressivité de 43 isolats français vis-à-vis de 8 NILs de pois porteuses de QTL de résistance a été étudié. Les résultats ont identifié 3 groupes d’isolats présentant une variabilité d’agressivité et 3 groupes de NILs avec des spectres d’efficacité plus ou moins larges sur les isolats d’A. euteiches étudiés. Cette thèse ouvre de nouvelles perspectives pour mieux connaître la diversité génomique des populations d’A. euteiches et le rôle de la plante comme « driver » d’évolution des populations de l’agent pathogène. Résumé (anglais) : Aphanomyces root rot of pea, caused by the oomycete Aphanomyces euteiches, is a major disease of pea in France and worldwide. This thesis aimed to evaluate the genetic and phenotypic diversity of French populations of A. euteiches towards leguminous crops and resistance QTL in pea, in order to contribute to knowledge development on the durability of partial resistance in pea. In order to study the genetic diversity of A. euteiches populations, microsatellite markers were developed, among which 14 highly polymorphic markers were identified. Genotyping of 94 isolates showed genetic diversity between American and French populations, confirming the discriminatory power of these markers. Genetic analysis of a collection of 205 French isolates showed low population structure and low genetic diversity. In addition, phenotypic analysis of 34 of these French isolates from a range of 8 genotypes of 4 host-legume species showed that most isolates was virulent on pea, faba bean, alfalfa and vetch and showed high level but low diversity of aggressiveness on pea. Finally, the level of aggressiveness of 43 French isolates towards 8 NILs carrying resistance QTL was studied. The results highlighted 3 groups of isolates showing a variability of aggressiveness and 3 groups of NILs with variable broad spectrum of efficacy. This thesis opens new perspectives for understanding the genomic diversity of A. euteiches populations and the role of the plant as a driving force in the evolution of the pathogen populations. Identifiant : rennes1-ori-wf-1-16971 | ||
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