Université de Rennes 1 Dynamique des éléments transposables et évolution du génome des spartines polyploïdes Transposable elements dynamics and evolution of polyploid Spartina genome génomique comparativeévolutionpolyploïdiehybridationgénomeséquençage à haut débitÉléments transposablesADNs satellitesspartines comparative genomicevolutionpolyploidyhybridizationgenomenext generation sequencingTransposable elementssatellite DNAspartina Transposons ADN satellite Spartina Polyploïdie Génomique comparative Les conséquences de la spéciation divergente ou réticulée (par hybridation) ont été explorées au cours de la diversification des spartines depuis 6-10MA à travers l’analyse des séquences répétées, de leur expression et régulation. Nous avons montré une corrélation entre éléments transposables, tailles de génome, et relations phylogénétiques, tout en mettant en évidence une dynamique variable des catégories d’éléments transposables ou de séquences satellites selon les lignées, et l’ancienneté des évènements de spéciation. L’abondance des éléments transposables a été mise en relation avec leur niveau d’expression et le rôle des petits ARN dans leur contrôle. Cette régulation se met rapidement en place suite à l’hybridation interspécifique et explique la « quiescence génomique » (absence de prolifération d’éléments transposables) détectée chez l’allododécaploïde récent S. anglica. Les annotations d’éléments transposables et de petits ARNs, les nouveaux transcriptomes de références réalisés chez différentes espèces au cours de ce travail représentent des ressources additionnelles qui permettront d’explorer de manière plus exhaustive la dynamique des génomes de spartines et de comprendre les mécanismes génomiques impliqués dans l’adaptation et l’écologie de ces espèces ingénieurs d’écosystèmes. We explored the consequences of divergent speciation or reticulate evolution (resulting from hybridization) during diversification of the Spartina genus in the last 6-10 MY, based on the analysis of repeated sequences, their expression and regulation. Transposable element amounts, genome size, and phylogenetic relationships were found correlated, although differential dynamics of specific transposable element families or satellite sequences were encountered according to lineages, and to divergence times following the speciation events. The abundance of transposable elements appears related to their level of expression and the role of small RNAs in their control. This regulation is rapidly established following interspecific hybridization and explains the "genomic quiescence" (absence of transposable element “burst”) detected in the recent allododecaploid S. anglica. Annotations of transposable elements and small RNAs, new reference transcriptomes generated for different species during this work represent additional resources that will allow a more comprehensive exploration of the Spartina genome history and dynamics for a better understanding of the genomic mechanisms involved in the adaptation and ecology of these “ecosystem engineers” species. Electronic Thesis or DissertationText fren application/pdf1 : 11351 Kohttps://ged.univ-rennes1.fr/nuxeo/site/esupversions/41d3351d-9989-4032-95a1-4d19c8aa22d4 Giraud Delphine 1993-08-07 FR 244780951 delgiraud@laposte.net 2019REN1B057 http://www.theses.fr/2019REN1B057 2019-12-16 Génétique, génomique et bioinformatique Universite de Rennes 1thesis.degree.grantor_1 02778715X Doctorat non ouiAïnoucheMalikaintervenant_1059851775SalmonArmelintervenant_2178791113 EGAALecoleDoctorale_1 221491066 Universite Bretagne LoirepartenaireRecherche_1 191639044 Ecobio partenaireRecherche_2 151300046 ddc:570 AïnoucheMalikaSalmonArmelUniversite de Rennes 1Sciences et technologie, medecine, pharmacie, odontologie, droit, economie, gestion, philosophieEGAALÉcole doctorale Écologie Géosciences Agronomie Alimentation (Rennes)Universite Bretagne Loire Communaute des etablissements d enseignement superieur et de recherche (ComuE) Ecobio ASCII PDF 11623458 Giraud Delphine Giraud Delphine