Evaluation des performances de trois kits commerciaux de PCR multiplex pour la mise en évidence de protozoaires intestinaux (Evaluation of performances of three commercial multiplex PCR assays for the detection of intestinal protozoa)

Autier, Brice - (2017-10-16) / Universite de Rennes 1 - Evaluation des performances de trois kits commerciaux de PCR multiplex pour la mise en évidence de protozoaires intestinaux Langue : Français Directeur de thèse:  Robert-Gangneux, Florence Thématique : Médecine et santé

Accès à la ressource :  https://ged.univ-rennes1.fr/nuxeo/site/esupversion... Mots-clés : Biologie moléculaire, PCR multiplex, protozoaires, parasites, extraction automatisée, Giardia intestinalis, Entamoeba histolytica, Dientamoeba fragilis, Cryptosporidium, Infections à protozoaires, Intestins, PCR (génétique), Diagnostic‎--Appareils et matériel Résumé : A l’heure de la mondialisation, les laboratoires de biologie médicale doivent faire face au nombre croissant de parasitoses intestinales. Le diagnostic des protozooses digestives repose encore sur la microscopie, or ces techniques demandent un temps important de technique ainsi que du personnel entraîné. Cette étude porte sur la comparaison des PCR BD Max Enteric Parasite Panel, G-DiaParaM et RIDA®GENE Parasitic Stool Panel I, mettant en évidence G.intestinalis, E.histolytica, Cryptosporidium sp. et D.fragilis, sur un panel de 111 selles positives en microscopie. Les trois PCR ont obtenu respectivement des sensibilités/spécificités à 89,6%/94,3%, 66,7%/94,3% et 37,5%/98,4% pour G.intestinalis, 56,5%/98,3%, 73,9%/98,3% et 91,3/100% pour Cryptosporidium sp. et 71,4%/97,6% pour la détection de D.fragilis par la PCR RIDA®GENE. Les méthodes d’extraction et les PCR testées ne sont pas équivalentes en termes de performances, en particulier pour Giardia. Avant de mettre en place une telle technique, il convient donc d’optimiser soigneusement le protocole employé. Résumé (anglais) : Because the world is in the era of globalization, laboratories are confronted to a growing number of intestinal parasitic diseases. Diagnostic of enteric protozoa is still based on microscopic techniques, which are time-consuming and require trained operators. This study compared multiplex PCR BD Max Enteric Parasite Panel, G-DiaPara and RIDA®GENE Parasitic Stool Panel I, detecting G.intestinalis, E.histolytica, Cryptosporidium sp. and D.fragilis, on a cohort of 111 stools positive for protozoa by microscopy. Each PCR obtained respectively for sensitivity/specificity 89,6%/94,3%, 66,7%/94,3% and 37,5%/98,4% for G.intestinalis, 56,5%/98,3%, 73,9/98,3% and 91,3/100% for Cryptosporidium sp. and 71,4%/97,6% for detection of D.fragilis by the RIDA®GENE PCR. DNA extraction methods and evaluated PCR are not equal in their performances, particularly for Giardia. Before to implement such a technique, the used procedure has to be carefully optimized. Identifiant : rennes1-ori-wf-1-10115

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