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    <title><string language="fre"><![CDATA[3.3. À la recherche des codons start et stop]]></string></title>
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        <string language="fre"><![CDATA[Nous avons écrit la structure, l'ossature d'un algorithme de prédiction de gènes dans un génome bactérien, en utilisant les principes que nous avions énoncés précédemment. Cet algorithme est incomplet puisque pour l'instant, nous avons repoussé l'écriture des 2 fonctions nécessaires à la recherche des occurrences des triplets Stop et Start. C'est donc ce que nous allons faire maintenant. 
Comment faire pour rechercher l'occurrence d'un triplet ? En fait l'algorithme est très simple, très naïf, il consiste à comparer chaque lettre du triplet à chaque lettre de la séquence, et faire progresser, si aucune correspondance n'est trouvée, faire correspondre le motif le long de la séquence jusqu'à avoir trouvé une occurrence. Regardons ce qui se passe. 
Ici, c'est simple, on compare le T avec le A, il n'y a pas de correspondance donc on avance directement au triplet suivant, ce n'est pas la peine de regarder les autres lettres...


ERRATUM


Une erreur s'est glissée dans le code du transparent 8, cf. correction détaillée dans l'onglet Erratum.]]></string></description>
    <keyword><string language="fre"><![CDATA[génomique]]></string></keyword><keyword><string language="fre"><![CDATA[algorithmique]]></string></keyword><keyword><string language="fre"><![CDATA[codon]]></string></keyword><keyword><string language="fre"><![CDATA[bioinformatique]]></string></keyword><keyword><string language="fre"><![CDATA[biologie cellulaire et moléculaire]]></string></keyword><keyword><string language="fre"><![CDATA[modélisation]]></string></keyword>
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FN:Francois RECHENMANN
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NOTE:  Ingénieur et Docteur-Ingénieur en informatique, François Rechenmann est chercheur au centre Inria Grenoble – Rhône-Alpes. Il y exerce ses activités à l’interface de l’informatique et des sciences du vivant en contribuant plus particulièrement au développement de méthodes et de logiciels pour l’analyse des séquences génomiques des microorganismes. Cofondateur de la société Genostar, qui propose des solutions bioinformatiques aux industries pharmaceutiques, agroalimentaires et biotechnologiques, il en est le conseiller scientifique. Très impliqué dans les actions de médiation scientifique, François Rechenmann est le responsable scientifique du site Interstices dont l’objectif est d’expliquer l’informatique en tant que domaine de recherche.   
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FN:Thierry PARMENTELAT
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NOTE:Thierry Parmentelat a mené une carrière hybride entre les mondes   académique et industriel. Ses centres d'intérêt couvrent les langages de   programmation, les réseaux, et l'algèbre. Actuellement ingénieur de   recherche chez Inria, Thierry Parmentelat utilise Python depuis plus de   10 ans pour ses travaux de recherche, ainsi que pour le développement   des plateformes expérimentales dont il a la charge. 
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        <string language="fre"><![CDATA[Droits réservés à l'éditeur et aux auteurs. 
Ces ressources de cours sont, sauf mention contraire, diffusés sous Licence Creative Commons. L’utilisateur doit mentionner le nom de l’auteur, il peut exploiter l’œuvre sauf dans un contexte commercial et il ne peut apporter de modifications à l’œuvre originale.]]></string>
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