1.9. Prédire l’origine de réplication

Auteur(s) : RECHENMANN FRANCOIS, PARMENTELAT THIERRY    01-06-2015,  01-06-2015  Éditeur(s) :    Description : Nous avons écrit un algorithme sympathique en ce qu'il dessine un chemin conforme à la succession des lettres d'une séquence génomique. Cet algorithme simple, au-delà du dessin qu'il produit, est-il susceptible de produire des résultats interprétables par un biologiste ? La réponse est oui. Nous allons l'appliquer sur une séquence de bactéries et voir qu'effectivement des dessins produits sont assez surprenants. Mais avant cela, il faut revenir sur le code de notre algorithme. La raison en est la suivante. Rappelez-vous, nous avons une fenêtre de longueur fixe, longueur L, que l'on fait progresser sur une séquence génomique de longueur connue. Et à chaque fois, pour chaque position de la fenêtre, nous calculons le nombre de A, de C, de G et de T présents dans la fenêtre, nous en déduisons les coordonnées de l'extrémité du segment à tracer, nous traçons le segment et nous faisons avancer la fenêtre de sa propre longueur. Nous arrivons à la fin de la séquence... ERRATUM Une correction a été apportée dans l'algorithme présenté dans les slides 2 et 3 (cf. onglet Erratum pour plus de détails). Mots-clés libres : génomique, Algorithmique, bioinformatique, biologie cellulaire et moléculaire, Modélisation Classification générale : Sciences de la vie, Biologie, Biochimie, Ecologie Accès à la ressource : http://www.canal-u.tv/video/inria/1_9_predire_l_or... rtmpt://fms2.cerimes.fr:80/vod/fuscia/contenu.en.g... http://www.canal-u.tv/video/inria/dl.1/1_9_predire... Conditions d'utilisation : Droits réservés à l'éditeur et aux auteurs. Ces ressources de cours sont, sauf mention contraire, diffusées sous Licence Creative Commons. L’utilisateur doit mentionner le nom de l’auteur, il peut exploiter l’œuvre sauf dans un contexte commercial et il ne peut apporter de modifications à l’œuvre originale.

DONNEES PEDAGOGIQUES Type pédagogique : cours / présentation Niveau : enseignement supérieur, licence, licence DONNEES TECHNIQUES Format : video/x-flv Taille : 280.23 Mo Durée d'exécution : 7 minutes 32 secondes

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