| Approche génomique pour l’investigation de la diffusion d’Enterococcus faecium ST117 en France de 2017 à 2024 (A Genomic Approach to Investigating the Spread of Enterococcus faecium ST117 in France from 2017 to 2024) | ||
Giraudeau, Anne - (2025-11-28) / Universite de Rennes - Approche génomique pour l’investigation de la diffusion d’Enterococcus faecium ST117 en France de 2017 à 2024 Langue : Français Directeur de thèse: Cattoir, Vincent Thématique : Médecine et santé | ||
Mots-clés : E. faecium, ERV, ST, épidémiologie moléculaire, WGS, phylogénomique, Enterococcus faecium, Entérocoques résistants à la vancomycine, Épidémiologie moléculaire, Génétique bactérienne Résumé : Les Enterococcus faecium résistants à la vancomycine (ERVfm) sont responsables d’épidémies hospitalières. Un nouveau « Sequence Type », le ST117, circule à l’échelle mondiale et a récemment été détecté en France, sans étude nationale à ce jour. L’objectif était d’analyser les déterminants épidémiologiques, phénotypiques et génomiques des souches ST117 isolées en France de 2017 à 2024. Au total, 136 isolats d’ERVfm ont été collectés par le Centre National de Référence (CNR). Les souches provenaient de 27 départements, majoritairement dans un contexte de colonisation, et 68 % étaient porteuses du gène van. L’analyse phylogénomique, basée sur les cgSNP, a révélé 7 clusters génomiques étroitement apparentés (≤ 20 SNP), dont trois principaux (Cluster 1 = 54 souches, Cluster 2 = 34, Cluster 3 = 24), correspondant à des transmissions clonales de souches hyper-épidémiques. Des liens phylogénétiques avec des souches allemandes, belges, danoises et néerlandaises ont également été observés. Cette étude met en évidence la diffusion de clones hyper-épidémiques d’E. faecium ST117 en France, en lien avec la circulation européenne, soulignant la nécessité d’une surveillance renforcée pour le contrôle des ERV. Résumé (anglais) : Vancomycin-resistant Enterococcus faecium (VREfm) are responsible for hospital outbreaks. A new Sequence Type, ST117, is currently spreading worldwide and has recently been detected in France, with no nationwide study conducted to date. The objective of this work was to analyse the epidemiological, phenotypic, and genomic determinants of ST117 isolates collected in France between 2017 and 2024. A total of 136 VREfm isolates were collected by the National Reference Center (CNR). The strains originated from 27 departments, mostly in the context of colonization, and 68% carried the van gene. Phylogenomic analysis, based on core-genome SNPs (cgSNPs), identified seven closely related genomic clusters (≤ 20 SNPs), including three major clusters (Cluster 1 = 54 isolates, Cluster 2 = 34, Cluster 3 = 24), corresponding to clonal transmission events involving hyper-epidemic clones. Phylogenetic links were also observed with isolates from Germany, Belgium, Denmark, and the Netherlands. This study highlights the dissemination of hyper-epidemic E. faecium ST117 clones in France, in connection with European circulation, emphasizing the need for enhanced genomic surveillance to support the control of VRE spread. Identifiant : rennes1-ori-wf-1-22123 | ||
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