| Faisabilité et rendement diagnostique du séquençage d’exome en anténatal : cohorte rétrospective sur la région Grand Ouest (Feasibility and diagnostic yield of antenatal exome sequencing: a retrospective cohort in the West) | ||
Agranier, Maxime - (2023-10-12) / Universite de Rennes - Faisabilité et rendement diagnostique du séquençage d’exome en anténatal : cohorte rétrospective sur la région Grand Ouest Langue : Français Directeur de thèse: Rollier, Paul Thématique : Médecine et santé | ||
Mots-clés : WES, NGS, Prénatal, Grossesse, Biologie Moléculaire, Signe d’Appel Echographique, Maladies rares, Génétique Médicale, Diagnostic Anténatal, Séquençage à haut débit , Diagnostic prénatal , Médecine anténatale , Génétique médicale , Maladies héréditaires, Biologie moléculaire , Foetus -- Échographie Résumé : Nous présentons ici une étude rétrospective sur la mise en place de l’examen de séquençage d’exome réalisé de manière rapide dans un contexte prénatal au sein des centres de la FHU GenOMedS, qui regroupe les centres hospitalo-universitaires du Grand Ouest de la France. L’objectif est de faire un premier bilan de l’introduction de cet examen en routine obstétricale environ un an et demi après que les premières patientes aient pu en bénéficier. Cette étude s’appuie sur une cohorte constituée de 69 examens soit la totalité des patientes s’étant vue prescrire un tel examen depuis sa mise en place dans les différents centres de la FHU. Notre étude est centrée principalement sur deux axes : Un premier axe revenant sur la mise en place de cet examen dans les différents centres et sa faisabilité. Nous nous intéressons ici à la dynamique de son intégration au sein des différents laboratoires de génétique, services de génétique clinique et d’obstétrique. Nous nous sommes également intéressés à ses performances techniques et temporelles. Un second axe, plus clinique s’intéresse au rendement diagnostique de cet examen. Le contexte est celui de la mise en évidence de signes d’appel échographiques au cours du suivi de grossesse. Nous nous sommes intéressés aux performances diagnostiques de cette analyse dans toutes les circonstances cliniques ayant pu être rencontrées. Nous avons également étudié l’implication du résultat de cet examen dans les suites de grossesse. Cette étude nous à permis de montrer que les centres du réseau HUGO sont désormais autonomes dans la prise en charge de cet examen et qu’il est maintenant parfaitement intégrée dans la routine des différents services impliqués. Avec une durée moyenne de 17 jours, les délais analytiques restent compatibles avec le contexte évolutif de la grossesse, bien que le délai médian de près d’un mois entre le prélèvement et l’enregistrement de l’examen puisse probablement être raccourci. Avec un rendement global d’environ 25%, soit un total de 17 diagnostics réalisés sur 69 fœtus testés, l’apport diagnostique de cet examen est conséquent. Toutes les maladies identifiées étaient fortement invalidantes pour l’individu à naître. Il s’agissait principalement de déficiences intellectuelles syndromiques, mais aussi de maladies métaboliques et osseuses. Les anomalies de la face et du crâne, les œdème et hydrops, ainsi que les syndrome polymalformatifs ont été associé à un rendement diagnostique important bien que cet examen garde une grande pertinence dans certaines atteintes à plus faible rendement comme les malformations isolées du système nerveux centrale. Un diagnostic positif à permis d’orienter les couples vers une IMG dans la plupart des cas. En conclusion l’examen d’exome prénatal a parfaitement su trouver sa place dans l’arsenal diagnostique des centres du groupement HUGO. Cette technique robuste est actuellement la seule alternative permettant le diagnostic de maladies géniques en période anténatale disponible dans nos laboratoires. Nous espérons que cette étude contribuera à rendre nos pratiques plus efficientes. Résumé (anglais) : We present here a retrospective study on the implementation of the exome sequencing examination carried out quickly in a prenatal context within the FHU GenOMedS centers, which brings together the university hospital centers of the Greater West of France. The objective was to make an initial assessment of the introduction of this examination into obstetric routine approximately a year and half after the first patients were able to benefit from it. This study is based on a cohort made up of 69 examinations, all of the patients who have been prescribed such analysis since its implementation in the FHU centers. Our study is mainly focused on two axes: A first axis returning to the implementation of this examination in the different centers and its feasibility. We are interested here in the dynamics of its integration within the various genetics laboratories, clinical genetics and obstetrics departments. We were also interested in its technical and temporal performances. A second, more clinical axis focuses on the diagnostic yield of this examination. The context is that of the identification of ultrasound warning signs during pregnancy monitoring. We were interested in the diagnostic performance of this analysis in all the clinical circumstances that may have been encountered. We also studied the implication of the result of this analysis in the aftermath of pregnancy. This study allowed us to show that the centers HUGO network are now autonomous in handling this examination and that it is now perfectly integrated into the routine of the various services involved. With an average duration of 17 days, the analytical times remain compatible with the evolving context of pregnancy, although the median time of almost a month between the sample and the recording of the examination could probably be shortened.With an overall yield of around 25%, or a total of 17 diagnoses made on 69 fetuses tested, the diagnostic contribution of this analysis is substantial. All the diseases identified were highly disabling for the unborn individual. These were mainly syndromic intellectual disabilities, but also metabolic and bone diseases. Anomalies of the face and skull, edema and hydrops, as well as polymalformative syndromes have been associated with a high diagnostic yield although this examination remains highly relevant in certain less yielding disorders such as isolated malformations of the central nervous system. A positive diagnosis allows couples to be referred to an IMG in most cases. In conclusion, prenatal exome examination has perfectly found its place in the diagnostic arsenal of the centers of the HUGO group. This robust technique is currently the only alternative allowing the diagnosis of genetic diseases in the antenatal period available in our laboratories. We hope that this study will help make our practices more efficient. Identifiant : rennes1-ori-wf-1-18675 | ||
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